Relação Bem X Mal
Não creio que a relação deva ser significante, pq oras, são piratas! Há mais preocupações pessoais do que simplesmente definição do que é certo ou errado. Sem contar que o que é certo ou errado vai ser algo bem diferente para eles.
Deuses
Bom... poderia ser algo menos presente que na fantasia convencional, mas não totalmente alheios. Poderiam realmente haver povos superticiosos ("Não naveguem naqueles mares ou a fúria de nossa dinvidade caíra sobre vocês como uma lâmina reluzente!"), mas nada que realmente seja manifestado sempre.
O que quero dizer é, poderia haver intervenção divina (como um clérigo que conseguiu controlar as ondas do mar para mudar o rumo de uma batalha), mas que isso não esteja presente toda hora.
Magia
Acho que já haviamos discutido isso em algum lugar do passado. Não vejo um bom ponto em uma guerra de navios com magos trocando bolas de fogo nas embarcações. Não que elas não existam, mas algo assim seria muito difícil se se realizar em alto mar, por isso creio que a magia deveria ser, em grande parte, sutil.
Fantasia
Também discutido em algum lugar do passado (eu acho). Seria interessante caso, em regra, fossem utilizados apenas humanos como jogadores, mas nada que poderá impedir a utilização de outras raças. Elas existem, mas não creio que chegarão a formar um reino, ao menos um reino realmente imponente.
Sobre a fantasia em geral. Não vejo problemas em alguns navios "diferentes", mas nada que saia voando por aí disparando raios pela boca do dragão esculpida na proa (embora eu tenha certeza que algum mestre vá colocar um xD).
Tecnologia
Algo como o renascimento? No máximo como algumas alterações sutís, como em armas de fogo ou algo parecido.
Interação Piratas X Mundo
Bom... os piratas seriam os aventureiros, certo? Eles não precisam sair saqueando tudo por aí, mas ao menos usar suas embarcações para exploração e tudo mais. Poderiam ser bem presentes, principalmente se houver um "novo mundo", algo que chamaria a atenção de muitos. O que também faria com que tipos assim fossem caçados por vários reinos que querem "controlar o que encontrarem".
Bom, é meu parecer por hora. Ainda estou viajando, por isso não posto nada mais em elaborado.